Merge de commits

Primero añade el otro proyecto con el cual quieres trabajar y realiza un merge:

$ git remote add -f proyecto /path/to/B
$ git merge -s ours --no-commit Bproject/master

Luego lee el arbol del master y realiza un commit al merge resultante y por último realiza un pull:

$ git read-tree --prefix=dir-B/ -u Bproject/master
$ git commit -m "Merge B project as our subdirectory"
$ git pull -s subtree Bproject master