Si entras vía FTP al directorio var/locks verás que hay archivos de reindex aquí cargados, por dejarlo limpio puedes eliminarlos.
Luego entras vía admin de magento y no saldrán errores de ese tipo. Son bastante tipicos y hay veces que no van y se queda pillado.
El problema es que Magento usa proceso de indexar bastante cargado para que la carga se haga rápido, he visto otras plataformas que cuando crecen de contenido (categorias a saco, unidades etc.) acaban intentando quitarlo. En principio está bien para limpiar la carga a la base de datos. Si no trabajaría mucho. Pero hoy en día si tenemos un server potente...y bien configurado tirará del carro.
El reindexing es para poder mostrar bien estos cambios en el frontend de forma rapida.
Cuando sale este error “cannot initialize indexer process” suele ser por problemas como
- php.ini que da error de inicio al ejecutar el reindex.
- apache/lighttpd timeout
- Número de items está siendo muy alto
pd: el script de Cristina es bueno 
pd2: se me olvidó decirte que es lo suyo lanzar esta query en tu BBDD (UNA VEZ BORRADOS LOS ARCHIVOS de var/locks)
DELETE cpop.* FROM catalog_product_option_price AS cpop INNER JOIN catalog_product_option AS cpo ON cpo.option_id = cpop.option_id WHERE cpo.type = 'checkbox' OR cpo.type = 'radio' OR cpo.type = 'drop_down'; DELETE cpotp.* FROM catalog_product_option_type_price AS cpotp INNER JOIN catalog_product_option_type_value AS cpotv ON cpotv.option_type_id = cpotp.option_type_id INNER JOIN catalog_product_option AS cpo ON cpotv.option_id = cpo.option_id WHERE cpo.type <> 'checkbox' AND cpo.type <> 'radio' AND cpo.type <> 'drop_down';
pd3: Haz BACKUP de tu BBDD antes de lanzarlo.
