Para limpiar un USB de manera sencilla te recomiendo utilizar el programa 360 Total Security.
El proceso es muy sencillo una vez instalado
Lo primero es que pongas el Pen en tu ordenador y dejar que se inicie el escaneo automático con 360 Total Security.
Ahora vas a poder ver en la siguiente ventana el tipo de virus con los que se ha infectado tu memoria USB. Cuando veas todas estas amenazas tienes que seleccionarlas y darle al boton de "Fix".
El programa comenzará a trabajar. Una vez termine, ya tendrás tu USB limpio para poder volver a utilizarlo.
Ademas este programa tiene otras funciones que te pueden ser útiles. Pruébalo y me cuentas, suerte.