Intenta usar el comando este para reparar unidades, da igual de las que sea. Introduce tu unidad de tarjeta SD y usa estos comandos en función del sistema operativo que tengas instalado.
En Windows:
chkdsk x: /F
Donde x pon la unidad de la tarjeta SD. Con /F recomendable, que es para que se corrijan los errores que encuentre en la unidad que le digas, pero te dejo aquí todas las funciones de este comando que es para reparar unidades en sistemas Windows.
CHKDSK [volumen[[ruta]nombre de archivo]]] [/F] [/V] [/R] [/X] [/I] [/C]
[/L[:tamaño]] [/B] [/scan] [/spotfix]
volumen Especifica la letra de unidad (seguida por dos puntos),
el punto de montaje o el nombre de volumen.
filename Solo para FAT/FAT32: especifica los archivos en los que
se comprobará la fragmentación.
/F Corrige los errores del disco.
/V Para FAT/FAT32: muestra la ruta completa y el nombre de cada
archivo en el disco.
Para NTFS: muestra mensajes de limpieza si los hay.
/R Encuentra sectores defectuosos y recupera la información
legible
(implica /F si no se especifica /scan).
/L:tamaño Solo para NTFS: cambia el tamaño del archivo de registro
al número especificado de kB. Si no se especifica ningún
tamaño, muestra el tamaño actual.
/X Obliga al volumen a desmontarse previamente si es necesario.
Ningún identificador abierto al volumen será válido
(implica /F).
/I Solo para NTFS: realiza una comprobación menos exhaustiva de
entradas de índice.
/C Solo NTFS: omite la comprobación de ciclos dentro de la
estructura de carpetas.
/B Solo NTFS: vuelve a evaluar los clústeres incorrectos
en el volumen (implica el uso de /R).
/scan Solo NTFS: ejecuta un examen proactivo en el volumen.
/forceofflinefix Solo NTFS: (se debe usar con "/scan")
Omitir todas las reparaciones en línea;
todos los defectos encontrados se ponen en cola
para su reparación sin conexión
(es decir, "chkdsk/spotfix").
/perf Solo NTFS: (debe usarse junto con "/scan").
Usa más recursos del sistema para completar un examen lo más
rápido posible. Esto podría afectar negativamente al
rendimiento de otras tareas que se ejecuten en el sistema.
/spotfix Solo NTFS: ejecuta una corrección puntual en el volumen.
/sdcleanup Solo NTFS: recolecta los elementos no utilizados en los
datos no necesarios del descriptor de seguridad
(implica el uso de /F).
/offlinescanandfix Ejecuta un análisis y reparación sin conexión en el
volumen.
/freeorphanedchains Solo FAT/FAT32/exFAT: libera las cadenas de clúster huérfanas que pueda haber
en lugar de recuperar su contenido.
/markclean Solo FAT/FAT32/exFAT: marca el volumen como limpio si no
se detectan daños, incluso si no se había especificado /F.
Los modificadores /I o /C reducen la cantidad de tiempo necesario para
ejecutar Chkdsk, ya que se omiten ciertas comprobaciones en el volumen.
En Linux
fskck