Buenas Nellie
En principio por lo que cuentas, no tienes que perder tu cuenta principal de Instagram ya que tu has borrado una cuenta asociada y no la principal. Ten en cuenta que si la fueras a perder Instagram ya la habría borrado y no podrías acceder a ella por lo que en principio no deberías tener ningún problema con esto.
Te voy a dejar de todos modos un vídeo en el que podrás ver cómo borrar y desvincular cuentas de Instagram de manera correcta, para que puedas comprobar también si este es el procedimiento que has seguido.
Espero que esto sea de ayuda, pero como te digo en principio no debes preocuparte ya que la cuenta sigue en activo.
Saludos