Normalmente, se puede ejecutar este comando chksk directamente sin problemas en una ventana de comando aunque sea tu unidad de C del sistema. Pero a veces, por ser el volumen que estás usando en el momento de ejecutarlo que es el disco C: donde está instalado Windows y estarás ejecutando cosas incluso en segundo plano que pueden afectar a realizar el chequeo. Por eso te dice que no puede ser comprobado mientras está en uso, y se te preguntará si quieres programar la comprobación para el próximo reinicio. Que es algo normal.
Si ves el mensaje "Este volumen se comprobará la próxima vez que se reinicie el sistema", significa que se ha programado una comprobación del disco para la próxima vez que reinicies tu ordena.
Si quieres realizar la comprobación de inmediato, tendrías que reiniciar tu pc y se inicia solo. Si no lo hace o no quieres reiniciar, es cierto que tienes una forma de ejecutarlo.
Seria usando el comando chkdsk con la opción "/x", que desmontará el volumen si es necesario. Pero recuerda que ejecutando eso te cierra todos los archivos y programas abiertos logicamente en el volumen que quieres analizar y está afectando, por lo que debes asegurarte de guardar cualquier trabajo antes de hacerlo. Evidente pero hazlo, porque te cerrara todo.
El comando es este:
chkdsk C: /f /x
Cambia c: por la unidad que quieras analizar, al ser la del sistema en un 99% de posibilidades suele querer analizar la unidad C pero te lo digo por si acaso.
Ya me dices.